1、直根型
　　此类型的根深（四年生的牡丹根可入土80厘米以上），但根条稀疏，没有明显的主根，仅有几十条粗细均匀的粗“面条根”，根光滑、皮百，根上极少分生小根，根（加工后称“丹皮”）产量高，质量好。如“凤丹”、“赵粉”、“二乔”、“墨魁”等。这类牡丹多为药用兼观赏两用品种。
　　2、坡根型
　　此类根条粗细长短不一，分生侧根较多，交叉生长，俗称“鸡爪根”，多数入土较浅，斜坡角度大。如“青山贯雪”、“白玉”、“黄花葵”等品种，此类牡丹产丹皮质量、产量低于直根型，不适于药用栽培。
　　3、中间型
　　此类根条稀密适中，无明显主根，生有多数粗细均称、根皮光滑的“面条根”，平均入土深度在70～80厘米，如“种生黑”、“姚黄”等，既可观赏，又可药用。
芽
　　牡丹的芽外由6～8枚鳞片所包，所以牡丹芽又称“鳞芽”。牡丹以鳞芽越冬。牡丹的芽按功能和分化程度分为花芽、叶芽、潜伏芽和不定芽四种。
　　1、花芽
　　牡丹的花芽为混合芽，能抽枝、长叶、开花。着生在枝条顶端的称为“顶生花芽”，开过一次花的枝条，花茎便自行干枯回缩一段。着生在干枯花茎下部的叶腋间的花芽称为“腋生花芽”或“侧生花芽”。花芽一般都比较肥大饱满，剥除鳞片，可见“花胎”（即鳞芽内部的幼小花蕾）。
　　2、叶芽
　　叶芽只抽枝长叶，多数着生在花芽下部的叶腋间，也有着生在枝条顶端的，较花芽瘦小，萌发后发育成枝条。
　　3、潜伏芽
　　潜伏芽着生在新枝的最下部，形状瘪小，如粟粒，俗称“狗鳖”。平时不萌发，在花芽、叶芽或枝条受伤后才能萌发，其寿命较长，可维持10～15年之久。
　　4、不定芽
　　着生在根茎处的芽叫做“不定芽”。出土后抽生为萌蘖枝，俗称“土芽”。不定芽萌发力特强，是接穗、更新老枝（股）和增加新股的主要来源。不定芽当年不开花，生长旺盛者，在顶部当年可发育分化形成花芽，翌年开花。
　　牡丹在芽因品种不同在形状、颜色等方面均有差异，形态百出，各有特征。大体上有圆锥型、珍珠型、扁圆型、长锥型、鹰咀型等；各形状之间又有大小、鳞片的多少、芽质瘪瘦虚实等差别；颜色也有青绿、黄绿、土红、土黄、银灰、棕褐和不同程度的紫红等色；另外还有花色和混和色，是秋季分辨品种的主要依据。因此，单靠芽的形状、颜色等很难识别牡丹的品种，需靠长期耐心细致的观察，才能掌握每一品种鳞芽的特性。