病原引起苗木猝倒病的原因有非侵染性和侵染性两类。非侵染性病原主要由于圃地积水，覆盖过厚，表土板结;或地表温度过高灼伤根茎。侵染性病原主要是真菌中的镰刀菌、丝核菌和腐莓菌，偶尔也有交链抱菌和多毛抱菌。 镰刀菌很少产生有性世代。菌丝多隔无色，产生两种分生抱子，一种是大型多隔镰刀状的分生袍子;另一种是小型单细胞的分生抱子。镰刀菌种类很多，危害松、杉苗木主要是腐皮镰抱和尖镰抱。丝核菌危害松、杉苗木主要是立枯丝核菌。腐霉菌危害松、杉苗木主要有两种腐莓菌:德巴利腐菌和瓜果腐霉。交链于包菌危害马尾松苗木主要是绿色交链抱菌。 镰刀菌、丝核菌、腐毒菌都有较强的腐生习性，平时能在土壤中的植物残体上腐生。它们分别以厚垣抱子、丝核菌和卵于包子度过不良环境，一旦遇到合适的寄主和潮湿的环境，便侵染危害。腐霉菌和丝核菌的生长温度为24-28'C，但温度稍低时危害严重;镰刀菌的 生长适温为10-32'C，以土温20 - 30'C时致病较多;交链子包菌在土 温13- 22'C时危害严重。