消毒最常用的方法有蒸汽消毒和化学药品消毒。
1.蒸汽消毒。此法简便易行，经济实惠，安全可靠。凡在温室栽培条件下以蒸汽进行加热的，均可进行蒸汽消毒。方法是将基质装入柜内或箱内（体积1立方米～2立方米），用通气管通入蒸汽进行密闭消毒。一般在70℃～90℃条件下持续15分钟～30分钟即可。
2.化学药品消毒。所用的化学药品有甲醛、甲基溴（溴甲烷）、威百亩、漂白剂等。
